São Gonçalo do Rio das Pedras fica numa região de cerrado, nas vertentes da Serra do Espinhaço, uma grande cadeia de montanhas que atravessa o Brasil central na direção norte-sul. Sua paisagem é marcada por elevações e picos importantes como o do Itambé. Contém áreas exploradas pela mineração de metais preciosos.
A região pertence ao Alto do Jequitinhonha, tendo várias nascentes d'água, que formam dezenas de riachos, poços e córregos formando belíssimas cachoeiras, com destaque: Grota Seca, Comércio, Retiro, Cadete, Lapa da Igreja, encontro do Rio Capivari com o Rio Jequitinhonha e outros. A sete quilômetros de distância sentido a Serro, encontra-se o distrito do Milho Verde, com várias cachoeiras de fácil acesso, como a do Lajeado, Piolho, Moinhos e Carijós, e a vinte e um quilômetros no povoado do Capivari, distrito de São Gonçalo do Rio das Pedras, está localizado o Parque do Pico do Itambé, e várias cachoeiras, rios e córregos.